O Fantomex, o Homem Mistério Mutante, é um ser altamente evoluído e tecnologicamente avançado com o codinome Charlie Cluster-7, desenvolvido pelo The World como parte do Projeto Weapon Plus como sua Arma XIII. Ele foi criado tanto para uso como agente quanto como um protótipo potencial para a próxima geração de Super Sentinelas. O produto de um "acasalamento" entre sua "Mãe" humana e uma máquina. Ele é altamente astuto, habilidoso em desorientação, e tem uma nave que é uma extensão de seu sistema nervoso chamada E.V.A. Originalmente com três cérebros e um sistema nervoso autônomo mutante; mais tarde, a personificação de apenas um desses cérebros. Adotando o nome "Jean-Philippe Charles", um sotaque francês e um amor pela cultura francesa.
Seu quase-status mutante e sua natureza rebelde o levaram a se juntar à causa mutante, juntando-se aos X-Men, ao time de Magneto, à X-Force de Cable e ao Esquadrão de Ataque X-Force. Depois que ele foi morto, E.V.A. depositou seu corpo em uma câmara de clonagem e todos os seus três cérebros estavam intactos, e a máquina clonou erroneamente um novo corpo para cada cérebro. Um deles era uma versão feminina chamada Cluster, e o terceiro clone era o Fantomex Negro, o mais cruel dos três.
X-Corporation
Fantomex buscou um refúgio seguro na X-Corporation em Paris enquanto fugia das autoridades. Ele alegou ser um ladrão mutante com o poder mal definido de desorientação e intelecto sobre-humano mais tarde. Sangrando profusamente de ferimentos de bala, ele pediu asilo, ao que o Professor Xavier lhe concedeu. Fantomex explicou ao Professor Xavier e a Jean Grey que estava sendo caçado porque era um dos ladrões mais procurados da Europa. Nem o Professor Xavier nem Jean Grey conseguiram usar sua telepatia para verificar suas alegações devido à sua máscara de cerâmica, um dispositivo que bloqueava suas sondas mentais.
No entanto, eles concordaram em ajudá-lo e, após escaparem dos soldados que cercavam o edifício, Fantomex usou E.V.A. para levar o Professor Xavier e Jean Grey à sua "casa" na França. Enquanto estava lá, ele os apresentou à sua "mãe" e continuou a descrever seu sucesso como ladrão. Na verdade, ele disse aos dois que havia roubado informações sensíveis sobre o projeto Weapon Plus enquanto estava no Eurotúnel e se ofereceu para vendê-las ao Professor Xavier por um bilhão de dólares. Após apresentar sua proposta, ele colocou-se em um leve transe hipnótico e removeu as balas que perfuravam seu corpo. Terminado, ele pediu ao Professor Xavier e a Jean Grey que o acompanhassem de volta ao Eurotúnel em uma tentativa de destruir a Arma XII. Os três partiram em E.V.A., deixando a casa e a idosa para trás. No entanto, tanto a casa quanto a mulher acabaram sendo um embuste altamente elaborado projetado por Fantomex para esconder sua verdadeira origem.
Fantomex então liderou o Professor Xavier e Jean Grey até o desastre do Eurotúnel. Repleto de pessoas e animais que a Arma XII havia transformado em escravos sem mente, a confusão reinava. Sabendo que aqueles que haviam caído sob a influência da Arma XII estavam perdidos, Fantomex matou Darkstar e quaisquer outros que estivessem mentalmente conectados à criatura. Depois que Fantomex destruiu a Arma XII usando um detonador remoto, notou-se que havia dois tubos de transporte vazios da Weapon Plus no Eurotúnel: um que continha a violenta Arma XII e outro que continha algo chamado Arma XIII.
Após a batalha, a máscara de cerâmica de Fantomex escorregou um pouco e Jean Grey usou sua telepatia para deduzir sua verdadeira identidade: Fantomex era na verdade a Arma XIII e estava em trânsito no Eurotúnel. Foi durante o acidente no Eurotúnel que ele escapou e foi subsequentemente perseguido até o edifício da X-Corporation. Ele confessou a Jean Grey que não era o mestre ladrão que alegava ser, mas agora estava determinado a ganhar essa reputação. Ele garantiu a Jean Grey que se recusava a ser soldado de qualquer um e, como resultado, Jean Grey permitiu que Fantomex desaparecesse no Eurotúnel antes que as autoridades chegassem.
Pó
Fantomex mais tarde viajou para o Afeganistão na tentativa de roubar uma lista dos mais ricos traficantes de escravos mutantes da Terra, cujos nomes ele pretendia chantagear. Lá, ele encontrou uma mutante inconsciente conhecida como Pó, uma ex-cativa mutante que havia matado seus captores sem querer ao se transformar em uma tempestade de areia mortal. Ao sair, ele encontrou Wolverine, deixando Pó sob seus cuidados.
Ataque à Weapon Plus
Pouco depois, Fantomex contatou Wolverine e lhe ofereceu informações sobre seu passado misterioso se ele ajudasse Fantomex a destruir Ultimaton, também conhecido como Arma XV, um produto mortal do programa Weapon Plus. Fantomex, Wolverine e o Ciclope dos X-Men viajaram para o The World, um ambiente artificial que altera o tempo projetado pelo programa Weapon Plus para desenvolver e evoluir rapidamente novas gerações de super-soldados. A equipe foi derrotada por Ultimaton, que escapou ao romper as barreiras do The World e voar para a estação espacial da Weapon Plus.
A equipe perseguiu seu alvo em E.V.A., a nave biológica de Fantomex, e ao chegar à estação espacial, Fantomex cumpriu sua palavra mostrando a Wolverine o banco de dados completo da Weapon Plus. Chocado ao aprender os detalhes terríveis de seu passado (incluindo seu massacre de toda a população de Roanoke sob a influência do Programa Weapon Plus), Wolverine iniciou a sequência de autodestruição da estação espacial antes de capturar e finalmente matar Ultimaton, que também estava se perguntando sobre sua condição. Fantomex e Ciclope escaparam da explosão em uma das naves da estação.
Planeta X
Retornando à Terra para encontrar os X-Men dispersos e Manhattan sob cerco por um mutante se passando por seu arquirrival Magneto, Ciclope recrutou Fantomex, E.V.A. e um grupo de alunos do Instituto Xavier para uma equipe X-Men provisória para se opor ao vilão. Fantomex liderou o assalto, abrindo caminho através da Irmandade do falso Magneto e libertando Xavier, precipitando a queda do vilão.
Guerra dos Programas
Retomando sua cruzada contra a Weapon Plus, Fantomex encontrou o túmulo do diretor do Programa, John Sublime, mas o encontrou vazio, exceto por um pedaço de papel com a palavra "Roanoke". Ele localizou a instalação secreta do programa dissidente Weapon X e a encontrou abandonada, exceto pelo Agente Zero da Weapon X. Após uma breve escaramuça sem um vencedor claro, o par relutantemente uniu forças e viajou para o local de Roanoke, uma cidade cujos habitantes foram massacrados depois que a Weapon X soltou um Wolverine lavrado cerebralmente sobre eles anos antes. Lá, eles encontraram Sublime, mas foram enfrentados por seus U-Men e forçados a fugir diante de probabilidades esmagadoras. Acreditando ainda estar sob o controle do Programa, Fantomex foi deixado para morrer.
Quiet
Mais tarde, Fantomex foi contatado pelo pequeno mutante Shortpack que buscava sua ajuda para assassinar o traficante de armas mutante Steinbeck como vingança por ele ter matado um agente sob os cuidados de Shortpack. Fantomex recusou, não querendo se tornar responsável por permitir que o bom-natured Shortpack se tornasse um assassino. Shortpack foi capturado por Steinbeck pouco depois e, enquanto investigava seu desaparecimento, a mutante metamorfa Mística, que trabalhava tanto para Xavier quanto para o aliado de Steinbeck, Shepard, soube de seu encontro com Fantomex. Embora o desprezasse após um encontro passado em Madagascar, Mística encontrou Fantomex em Monte Carlo, atuando novamente sob a pretensão de ser um ladrão mutante, e soube do plano de Shortpack.
Enquanto ela saía para resgatá-lo, Fantomex a seguiu e descobriu sua intenção de assassinar Xavier. Em troca de seu silêncio, Fantomex ordenou que Mística realizasse um roubo para ele. Depois que ela voltou com os produtos, Mística infectou tanto Fantomex quanto E.V.A. com um vírus tecno-orgânico, aparentemente matando ambos para manter seu plano em segredo. No entanto, foi tudo um embuste, pois Mística sabia que estava sendo monitorada por Shepard. Fantomex mais tarde ressurgiu e ajudou Mística a capturar Shepard, dando-lhe acesso a Steinbeck, a quem ela derrotou.
Reinado Sombrio
Fantomex apareceu em seguida defendendo o The World das hordas zumbis de Norman Osborn. Depois que Wolverine e os soldados zumbis foram infectados por Allgod. Como ateus, Fantomex e Noh-Varr eram imunes à mais nova arma do The World. Lutando contra os zumbis e um Wolverine com controle mental, Noh-Varr consegue aplacar o The World, libertando Wolverine da influência de Allgod. O trio então prossegue para derrotar os zumbis de Norman Osborne. Fantomex usou um raio encolhedor roubado do Doutor Destino para ficar de olho no The World.
Nação X & Segundo Advento
Encontrando os X-Men novamente depois de ser contratado por um jovem garoto mutante para matar um Predador X, Fantomex foi crucial para ajudar a subjugar a equipe de Encéfalo até que eles liberassem uma gripe específica para mutantes HX-N1, forçando os X-Men a fugir. Fantomex foi visto mais tarde cortejando Psylocke.
Uma vez parte dos X-Men, ele ajudou Emma Frost e Kitty Pryde a se livrar de Sebastian Shaw, mas ele o libertou do par, pensando em matá-lo, mas em vez disso potencializando seu poder de absorção cinética, o que levou Shaw a batalhar contra os três X-Men por um confronto curto, mas intenso.
Ele foi visto mais tarde lutando contra as unidades Sentinela Nimrod enviadas do futuro por Bastion para atacar os mutantes de Utopia.
Uncanny X-Force
Ele então se juntou à X-Force. Ele foi com a equipe em uma missão para matar um clone do Apocalipse original. A equipe ficou chocada ao descobrir que o clone era uma criança. O resto da equipe discutiu, mas não conseguiu matar o menino. Fantomex, acreditando que a criança estava além da salvação, resolveu a questão por conta própria e o matou.
Mais tarde, um exército de Deathloks atacou Fantomex, matou sua mãe e roubou o The World em miniatura, onde Fantomex estava trabalhando em um experimento que ele acreditava que salvaria o mundo. Descobriu-se mais tarde que este era outro clone do Apocalipse criado por Fantomex, chamado Genesis, que estava sendo cultivado em seu laboratório no The World.
Saga do Anjo Negro
Devido a ter matado Apocalipse, o membro da X-Force Anjo Arcanjo começou a se transformar no novo "Apocalipse" por causa do Protocolo de Sucessão implementado para garantir que, com a morte de Apocalipse, um de seus Cavaleiros da Morte o sucedesse. A X-Force viajou para a Era do Apocalipse, um universo alternativo onde esperavam encontrar uma Semente da Vida Celestial que pudessem usar para reverter o processo pelo qual o Anjo Arcanjo estava passando.
Juntamente com os X-Men daquele mundo, eles conseguiram garantir uma Semente da Vida apesar das pesadas perdas para os X-Men. Eles retornaram ao seu próprio mundo apenas para descobrir que haviam sido enganados pelo Anjo Arcanjo, que já havia completado sua transformação e queria a Semente da Vida para refazer o The World. Fantomex e a X-Force tentaram lutar contra ele e seus Cavaleiros, mas foram forçados a fugir, deixando para trás Psylocke, que ainda acreditava que o Anjo Arcanjo poderia ser redimido.
Com Wolverine gravemente ferido, Fantomex foi forçado a liderar o que restava da X-Force para parar o Anjo Arcanjo e recuperar o The World, que ele havia roubado. Durante a batalha final para parar o Anjo Arcanjo, Fantomex parecia fugir, mas na verdade foi trazer os X-Men da Era do Apocalipse como reforço. Fantomex também foi forçado a libertar sua arma secreta, o clone do Apocalipse, que conseguiu lhes dar tempo suficiente para derrotar o Anjo Arcanjo.
Fantomex foi então sequestrado pelo Capitão Grã-Bretanha e levado para Otherworld para ser julgado por seu assassinato da criança Apocalipse. Depois que Otherworld foi atacado e Fantomex ajudou em sua defesa, no entanto, ele foi libertado.
Execução Final
Quando a X-Force enfrentou a nova Irmandade de Mutantes Malignos, Fantomex foi envenenado por Mística com um veneno que bloqueava completamente seus poderes. Psylocke foi controlada mentalmente pelo Rei das Sombras, forçando Fantomex a intervir. Ele removeu sua máscara, que continha seus escudos mentais, e a deu a Psylocke, quebrando o controle do Rei das Sombras sobre ela. Isso, no entanto, o deixou vulnerável e, após conseguir enviar Psylocke com E.V.A., ele foi morto pela Irmandade.
E.V.A. e o resto da X-Force conseguiram recuperar seu corpo e E.V.A. o depositou em uma escotilha de amostra de clonagem na Instalação White Sky, a Nuvem. Todos os seus três cérebros estavam intactos, e a máquina cometeu um erro e clonou um novo corpo para cada um de seus cérebros. Fantomex se reuniu com Psylocke e a levou, junto com sua nova "irmã", para conhecer sua mãe.
Depois da X-Force
Fantomex, Cluster e Psylocke trabalharam como ladrões em Paris, seis meses após sua reconstituição, com Cluster aprendendo o trabalho com Fantomex. Durante este tempo, um triângulo amoroso surgiu entre Fantomex, Psylocke e Cluster, até que a Arma XIII sequestrou Fantomex. Ao tentar resgatar Fantomex, a Arma XIII professou seu amor por Psylocke, o que levou todos os três a concordar em se tornar um novamente. Foi oferecido a Fantomex um lugar por Wolverine na Escola Jean Grey, que ele recusou.
X-Force de Cable
Fantomex e E.V.A. se juntaram à nova equipe X-Force de Cable e fizeram várias missões com eles na esperança de que ele se reunisse com suas partes ainda dissociadas de si mesmo. Depois de algum tempo, ele enlouqueceu lentamente e conspirou contra a equipe, querendo ser o melhor que existe. Eventualmente, voltando-se contra eles, ele também revelou que a membro da equipe MeMe era na verdade Hope Summers usando seus poderes para se passar pela verdadeira. Usando-a para copiar o imperfeito Efeito Volga para si mesmo em forma digital para completar seu ser falho, apenas para descobrir que era inútil, até que Dominó o atingiu na cabeça com um tiro, e o soro fez efeito total, dando-lhe controle total sobre ele, concedendo a si mesmo uma ampla gama de novas habilidades.
Por um tempo, Fantomex viajou pelo mundo, depondo cada ramo de agência de super-espionagem, coalizões de super-pessoas, qualquer super-coisa que estivesse em seu caminho para ser o melhor, o que, sem que ele soubesse, era um ardil inteligente do próprio Nathan para destruir quaisquer ameaças à agenda da nação mutante. Hope Summers eventualmente copiou seus poderes divinos e, em vez de lutar contra ele diretamente, ela implantou um pensamento em sua mente: que para ser perfeito, você precisa de inadequações e falhas pessoais. Fantomex não conseguia compreender ser perfeito através da imperfeição, então ele teve um colapso mental, fazendo com que E.V.A. purgasse todas as falhas que o afligiam, juntamente com seus atributos todo-poderosos. Psylocke então usou suas lâminas psíquicas para embaralhar seus cérebros, aparentemente cortando sua conexão com seu poder mutante central, e o resto da X-Force procedeu para massacrar o agora desprovido de poder perfeccionista.
X-Men de Magneto
Tanto Fantomex quanto E.V.A. foram restaurados à normalidade por Magneto, que subsequentemente fez Jean-Philippe trabalhar para ele através do Clube do Inferno, investigando as atividades de uma empresa obscura chamada Someday Enterprises juntamente com Mística. Após descobrir que a Someday usava biotecnologia roubada do The World em seus experimentos com mutantes, Fantomex invadiu seu sistema para garantir que ele não estava mais comprometido. Ao encontrar o ponto de acesso da Someday ao The World e destruí-lo, Fantomex aproveitou o vazio deixado por ele para plantar a semente de sua própria consciência na rede do The World.
Vida de X
Ao retornar ao mundo real, Fantomex tornou-se parceiro de Gambit até receber o dinheiro que LeBeau lhe devia. Quando Gambit foi chamado psiquicamente por Psylocke para Londres em busca de ajuda, Fantomex o acompanhou. Depois de ajudar a libertar Psylocke da influência do Rei das Sombras, alguns dos mutantes convocados por Psylocke aventuraram-se no Plano Astral para derrotar o vilão. Fantomex se voluntariou, com a justificativa de que precisava garantir a segurança de Gambit apenas para que ele pudesse pagar sua dívida.
A equipe eventualmente se dividiu quando chegou ao Plano Astral, e Fantomex acabou com Mística. Mística aproveitou as propriedades do Plano Astral para conjurar Madripoor e, essencialmente, desfrutar de férias enquanto esperavam o Rei das Sombras vir para eles. Fantomex e Mística desfrutaram de inúmeras atividades juntos, eventualmente compartilhando um beijo antes de serem teletransportados para outro lugar no Plano Astral pela alma do falecido Professor Xavier para ajudá-lo a lutar contra o Rei das Sombras. Perto do fim do conflito, Fantomex concordou em doar seu corpo para a forma astral do Professor Xavier para que ele pudesse retornar ao mundo real enquanto sua mente permanecia no Plano Astral. Fantomex esperava que seu sacrifício lhe rendesse uma página em branco e quebrasse seu ciclo de sempre retornar ao seu status quo de ladrão, um papel ao qual ele se sentia acorrentado.
Algum tempo antes de seu falecimento e do empréstimo da corporalidade a Xavier, Charlie havia investigado a Weapon Plus. No caso de seu falecimento, Fantomex deixou uma memória gravada de si mesmo detalhando sua pista e investigações para descobrir a clandestina sanção de supersoldados dentro de sua parceira de bioma neurológico E.V.A., que mais tarde procuraria e encontraria outros iniciados do Programa Weapon para continuar sua missão.
A Era Krakoana
Algum tempo após este evento, Fantomex ressurgiu vivo, continuando suas atividades regulares. Ele e seu parceiro Ned, um ex-cientista da A.I.M., foram procurados por Tempestade, Cypher e M, que lhes pediram para levá-los ao The World a fim de curar Tempestade do Vírus Máquina com o qual ela havia sido infectada. Após entrar no The World, eles batalharam algumas manifestações. Durante a batalha, Fantomex prosseguiu para o laboratório dentro do The World, onde se reuniu com Ultimaton, e ambos mataram todos os cientistas da A.I.M. presentes. Os X-Men e Ned chegaram pouco depois e colocaram Tempestade dentro de uma máquina para extrair o vírus dela. Depois que Tempestade terminou e prosseguiu para destruir o resto das manifestações, ela saiu com o resto dos X-Men, enquanto Fantomex e Ned decidiram permanecer no The World.